Ich hab bei meinem S4 auch noch nie diese Temperaturen beobachten können. Achte aber auch nicht großartig darauf. Aber beim entnehmen der Akkus haben diese Zimmertemperatur oder leicht drüber. 39 Grad sollte man ja schon deutlich als höhere Temperatur (heiß) war nehmen.
Lade eigentlich immer im Automatik modus. Je nach dem wie das Ladegerät den Innenwiderstand meiner Akkus (VTC5A oder D) liest sind es dann in der Regel 2.5A oder selten 3 A.